การใช้ URL Shortener อาจส่งผลกระทบต่อ SEO หากไม่ใช้ให้ถูกวิธี โดย URL Shortener ที่มีการตั้งค่าพารามิเตอร์ที่ไม่เหมาะสมอาจทำให้ลิงค์ไม่สามารถถูกดัชนีได้อย่างถูกต้อง การเลือกใช้เครื่องมือย่อลิงค์ที่รองรับการปรับแต่ง URL และทำให้สามารถรักษาความสามารถในการจัดอันดับ SEO ได้ดีจึงเป็นสิ่งสำคัญ